分公司税务处理需要综合考虑其核算方式、税种等因素，常见税务风险包括关联交易、利润分配等方面，可通过建立健全制度、加强培训等措施进行防范。以下是详细介绍：
分公司税务处理方法
分公司若从事经营活动，取得经营收入，在办理税务登记时应登记为 “独立核算性质”，作为独立的纳税义务人，在当地按期申报缴纳增值税等流转税。若不从事经营活动，可申请登记为 “非独立核算性质”，在当地不涉及流转税纳税事项。
分公司无论是 “独立核算性质” 还是 “非独立核算性质”，通常都由总公司汇总缴纳企业所得税。但对于在当地不发生流转税纳税义务的分公司，不就地预缴企业所得税。
会计核算不规范，导致税务申报数据不准确，如收入、成本、费用确认时间和金额不符合税收法规要求，可能会导致多缴或少缴税款。
分公司销售货物或提供应税劳务时，若发票开具与合同签订方、实际业务不一致，可能存在虚开发票风险，购货方也可能面临进项税额不能抵扣、成本不能在企业所得税前列支的风险。
集团内部分公司之间在销售、采购等环节可能存在关联交易，若关联交易价格不合理，将被税务机关认定为转移定价行为，面临补缴税款和罚款的风险。
部分企业通过在不同分公司间调配利润来试图避税，这种做法可能引发税务争议，不符合税收法规要求。
分公司税务风险防范措施
如君乐宝乳业集团制定《税务穿行控制点》《税务自检手册》《税务风险管理手册》等一系列标准化操作规范，形成完善的税务管理生态。分公司应明确税务管理职责，加强内部监督和制衡机制。
定期组织税务培训，提高分公司员工的税务风险意识和税务专业知识水平，使其熟悉税收法律法规和政策要求，正确处理各类税务事项。
制定发票开具、取得、保管等环节的操作流程，建立发票审核制度，加强对发票真实性、合法性的审核，防止取得虚开发票。
分公司应定期进行税务自查，及时发现和纠正税务处理中的问题，避免税务风险的积累和扩大。
定期与主管税务机关进行沟通，及时了解税收政策的执行口径和具体要求，确保公司税务处理符合政策规定，对于重大税收政策问题，主动向税务机关咨询。
分公司和子公司在税务处理上有什么区别
分公司与子公司在税务处理上的区别主要体现在以下几个方面：
分公司不是独立的纳税主体，其所得要与总公司汇总纳税；子公司是独立的纳税主体，独立申报纳税。
分公司：一般由总公司汇总缴纳企业所得税。符合规定条件的汇总纳税的分公司，实行 “就地预缴、汇总清算”；无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，又无法证明分支机构的，按照独立纳税人就地缴纳企业所得税；分公司实行独立核算、不汇总纳税的，也按照独立纳税人就地缴纳企业所得税。
子公司：作为独立法人，独立计算应纳税所得额并缴纳企业所得税，适用其注册地的税率。
分公司：总机构和分支机构不在同一县（市）的，一般应分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税，但经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。统一核算的总分机构之间，总机构将货物移送到分支机构，若分支机构将移送到的货物对外销售时使用分支机构当地的发票向购货方开具发票或者向购货方收取货款，只要满足这两个条件之一的，分支机构应当向所在地税务机关缴纳增值税；未发生上述两项情形的，则应由总机构统一缴纳增值税。
子公司：在其经营地缴纳增值税，发生应税销售行为等，按照规定计算并缴纳相应增值税。
分公司不能单独享受所在地的税收优惠政策，只能跟随总公司，若享受优惠政策，需由总公司统一申请；子公司则可以根据自身的经营情况和所在地的税收政策，独立申请和享受相关的税收优惠。
分公司的税务管理相对简单，由总公司统一进行；子公司需要独立进行税务登记、申报等各项税务管理工作，税务管理成本相对较高。
